依房屋稅條例第3條規定:「房屋稅,以附著於土地之各種房屋,及有關增加該房屋使用價值之建築物,為課徵對象。」無照違章建築之房屋,自不例外。至於房屋稅之完納,僅表示納稅義務之履行,不能據以使無照違章建築房屋,變成合法。
如對無照違章建築房屋不予課徵房屋稅,對於合法房屋而言,有失公平,且會助長違建之風。因此無照之違章建築房屋在未拆除前,仍應依法申報設立房屋稅籍;且依房屋稅條例第7條及第16條規定,納稅義務人未於房屋建造完成之日起30日內檢附有關文件向主管稽徵機關申報,因而發生漏稅者,除要補繳應納稅額外,並按所漏稅額處以2倍以下罰鍰。