依房屋稅條例第3條規定：「房屋稅，以附著於土地之各種房屋，及有關增加該房屋使用價值之建築物，為課徵對象。」無照違章建築之房屋，自不例外。至於房屋稅之完納，僅表示納稅義務之履行，不能據以使無照違章建築房屋，變成合法。

如對無照違章建築房屋不予課徵房屋稅，對於合法房屋而言，有失公平，且會助長違建之風。因此無照之違章建築房屋在未拆除前，仍應依法申報設立房屋稅籍；且依房屋稅條例第7條及第16條規定，納稅義務人未於房屋建造完成之日起30日內檢附有關文件向主管稽徵機關申報，因而發生漏稅者，除要補繳應納稅額外，並按所漏稅額處以2倍以下罰鍰。